pour repérer les variants du SARS-CoV-2, la bataille du séquençage


Un laborantin travaille sur le séquençage du génome du virus SARS-CoV-2, au centre de recherche de l’Institut Pasteur, à Paris, le 21 janvier.

« Nous revivons ce que nous avons connu il y a un an, avec des problèmes d’approvisionnement en matériel et en réactifs. On doit harceler les fournisseurs, diversifier nos achats… Sauf que cette fois ce n’est pas pour les tests PCR mais pour le séquençage », résume Laurence Josset, professeur aux Hospices civils de Lyon, dans l’un des deux centres nationaux de référence chargés du séquençage des génomes. Cette technique de biologie moléculaire, qui lit une à une les 30 000 « lettres » du génome du SARS-CoV-2, est la seule manière de savoir quel virus circule, s’il a muté, de quelle origine géographique il est…

« La demande mondiale pour ces techniques explose. La surveillance génomique est importante dans une épidémie. Ce message que nous diffusions depuis le printemps a été entendu », rappelle Caroline Thureau, responsable marketing de la zone Europe Moyen-Orient Afrique d’Illumina, leader mondial sur ce marché. L’activité est donc sous tension. « “Actuellement, nous sommes sur un délai de dix jours à réception du bon de commande, nous faisons au maximum pour avancer cette livraison, est le message que j’ai reçu le 1er février d’un fournisseur. Voilà les ravages de l’imprévision française. Cela fait un mois que nous disons qu’il faut faire des commandes groupées de kits de séquençage avant que la pénurie réelle n’apparaisse », peste Philippe Froguel, professeur à l’Imperial College de Londres et au CHU de Lille, ralenti pour séquencer.

La tension est forte sur les réactifs chimiques, mais même sur du matériel aussi banal que des gants de protection. « Il faut aussi prendre garde à ce que cette suractivité liée au Covid ne pénalise pas les autres besoins en génomique », rappelle Bruno Lina, membre du conseil scientifique et chercheur au centre international de recherche en infectiologie de Lyon. Séquencer un génome sert en effet notamment en oncologie pour le diagnostic, l’adaptation de thérapie, le dépistage…

La demande mondiale croit depuis l’hiver et les découvertes de variants du SARS-CoV-2 circulant en Afrique du Sud, Angleterre, Brésil ou Danemark (dans des élevages de visons). Mais pour les trouver, encore fallait-il les chercher et disposer d’un réseau de surveillance permettant suffisamment de séquençage. Le Royaume-Uni s’était organisé dès le printemps 2020 et détient le record mondial de séquences partagées avec le monde entier sur la base de données Gisaid, avec le 1er février plus de 194 600 séquences sur 456 500 au total. Le Danemark est lui à plus de 34 000 quand la France, avec 4 300, fait moins bien que l’Allemagne (4 600), l’Espagne (7 400) ou les Pays-Bas (7 000). « Si nous avions été prêts en novembre, nous aurions pu identifier plus tôt le variant repéré en Angleterre. Mais on l’a quand même identifié assez vite », indique Bruno Lina.

Il vous reste 57.87% de cet article à lire. La suite est réservée aux abonnés.



Source link

Leave a Reply

%d bloggers like this: