Plus d’un tiers de nos gènes ont un niveau d’activité différent selon le sexe


Vue d’un génome humain.

Vaste offensive sur le génome humain ! Au total, 172 chercheurs ont été mobilisés. Dix ans d’efforts de guerre high-tech, financés à hauteur de 150 millions de dollars (127 millions d’euros). La cible ? Les centaines de milliers de lettres de l’ADN qui, dans le grand livre de notre génome, varient selon les individus. Ces différences sont nommées « variants », si elles sont rares, ou « single nucleotide polymorphism » (SNP), si elles se limitent à une seule lettre (base) de l’ADN.

Subventionnée par les puissants National Institutes of Health (NIH, des institutions gouvernementales aux Etats-Unis), cette force de frappe repose sur le Consortium GTEx (pour « Genotype-Tissue Expression »), créé il y a dix ans. Il réunit, pour l’essentiel, des équipes américaines, épaulées par quelques équipes suisses, espagnoles ou portugaises.

Cette puissance de tir est la suite logique d’un combat acharné pour le savoir. « Il y a vingt ans, l’ensemble du génome humain a été séquencé, raconte François Aguet, un chercheur suisse qui travaille au Broad Institute à Cambridge (Massachusetts) et qui a participé à presque toutes les analyses bio-informatiques du consortium. Puis les techniques de séquençage ont été exploitées pour détecter les SNP dans de vastes populations humaines. Le but de ces études, dites GWAS [« genome-wide association study »] : trouver des associations entre ces variations génétiques et certains caractères [taille…] ou maladies. »

Mais ils sont tombés sur un os ! « La majorité des variations associées à des caractères ou des maladies, en effet, se trouvent dans des régions du génome situées en-dehors d’un gène. » Autrement dit, ces régions « non codantes » ne produisent pas de protéines. Déduction logique : c’est qu’elles doivent contrôler l’activité d’un ou plusieurs gènes proches ou distants. Mais où sont, qui sont ces gènes « sous influence » ?

Une moisson de données inestimable

C’est pour répondre à cette énigme que le Consortium GTEx a été lancé. A cette fin, 838 individus ont été recrutés… post mortem, après avoir été volontaires pour le don d’organes et ce type d’études. Chez chaque individu, une vingtaine de tissus ont été prélevés (soit une cinquantaine de types de tissus au total). Les ARN ont été extraits de leurs cellules et séquencés ; les protéines, de même. Par ailleurs, le génome des cellules de leur sang a été entièrement séquencé, et les précieuses variations SNP recherchées. Enfin, ces données ont été passées au crible des analyses statistiques et moulinées par de puissants programmes bio-informatiques, à la recherche des associations mentionnées.

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