après les variants, les recombinants du SARS-CoV-2 arrivent


Séquençage génomique d’échantillons prélevés sur des patients atteints du Covid-19, au sud de Cambridge (Royaume-Uni), le 12 mars.

Cela devait arriver. Après les variants qui se transmettent plus, puis ceux qui limitent l’efficacité des vaccins, voici les virus « recombinants » du SARS-CoV-2. Ces nouveaux venus sont, comme les précédents, des façons d’augmenter la diversité génétique du virus, et donc d’obtenir des comportements différents plus adaptés à leur environnement. Ce sont en fait des chimères, faites de deux segments de génomes raboutés et empruntés à deux lignées différentes du SARS-CoV-2. Ou comment créer un virus à partir de deux.

Comme pour les premiers variants, l’alerte est venue du Royaume-Uni. L’équipe chargée des séquençages et de leur analyse, le consortium COG-UK, a révélé sur le site spécialisé Virological.org, mercredi 17 mars, les onze premiers recombinants de la jeune histoire de ce virus, répartis en quatre groupes, avec, chacun, deux ou trois représentants identiques. Quatre autres recombinants, « putatifs », présents en un seul exemplaire, sont aussi décrits.

Tous ont des bouts de séquence provenant du variant identifié fin 2020 en Angleterre, baptisé « B.1.1.7 » ou « 501Y.V1 ». Le reste est fait, au choix, de deux « vieilles » lignées. Début février, une première alerte avait été émise depuis les Etats-Unis, lors d’une conférence rapportée par le magazine New Scientist, concernant un recombinant d’un variant « anglais » avec un autre local, mais sans confirmation depuis.

« Des champions de la recombinaison intergénomique »

La nouvelle ne surprend pas Hubert Laude, vétérinaire retraité, pionnier de la recherche sur les coronavirus. « [Ce] sont des champions de la recombinaison intergénomique », constate-t-il, en rappelant que les chauves-souris hébergent, sans risque, énormément de coronavirus, qui se plaisent à se recombiner en leur sein pour acquérir de nouvelles fonctions.

Ces recombinaisons ont lieu lorsqu’une enzyme, la polymérase, « lit » le brin d’ARN viral en s’accrochant sur lui pour le recopier. Ce processus peut avoir des ratés, avec une polymérase qui ralentit, s’arrête et prend un autre brin à recopier, ajoutant cette nouvelle séquence à la précédente.

Article réservé à nos abonnés Lire aussi Ce que l’on sait de l’efficacité des vaccins et des anticorps sur les variants du Covid-19

« Le SARS-CoV-2 a un génome plus long que d’autres virus, ce qui augmente les chances d’accident. Sa polymérase est aussi moins “serrée” sur les brins », complète Bruno Canard, directeur de recherche au Centre national de la recherche scientifique (CNRS), à l’université Aix-Marseille.

Recombinaisons fréquentes

Il vous reste 51.36% de cet article à lire. La suite est réservée aux abonnés.



Source link

Leave a Reply

%d bloggers like this: